大多数单纯性肝囊肿是偶然发现的，通常呈良性病程。实验室检查结果大多正常，一般无诊断意义。不过，肝酶可能会升高；碱性磷酸酶和γ-谷氨酰转移酶升高是最常见的发现【Selimis NS 2007 Lantinga MA 2013 】8 9。这些发现通常归因于囊肿在肝门区域的解剖位置，这可能会影响胆道或大血管。 超声检查是诊断单纯性肝囊肿最有效且无创的诊断方法，通常显示为囊状、均匀、无回声、充满液体的病变，壁薄且边缘光滑，后方有声学增强。单纯性肝囊肿通常仅通过超声检查就能与脓肿、恶性肿瘤、血管瘤和错构瘤区分开来。
CT 显示为囊性病变内一个囊状、光滑、边界清晰、充满液体且呈水样衰减的病灶，无内部结构。增强 CT 检查未见囊性病变内部结构有强化。同样，MRI 显示为一个均匀、边界清晰的球形病灶，在 T2 加权像上呈高信号，在 T1 加权像上呈低信号，且无强化。
与肝脏囊性病变的鉴别诊断往往较为困难。鉴别诊断包括恶性肿瘤，如胆管囊腺癌、原发性囊性肿瘤的囊性转移以及大块实性肿瘤的囊性坏死。排除肿瘤的鉴别诊断包括多囊肝（PLD）和由细粒棘球绦虫或泡型棘球绦虫感染所致的包虫囊肿【Marrero JA 2014】5。.
超声筛查中发现囊壁不规则、囊内分隔、钙化或子囊的囊肿，应通过增强 CT 或 MRI 进行鉴别诊断，以区分囊性肿瘤和包虫囊肿。
囊腺瘤占所有肝囊性病变的 1%至 5%，在大于 4 厘米的囊肿中可高达 10%【Marrero JA 2014 Garcea 个2007】5 32。囊腺瘤有恶变为囊腺癌的潜在可能，因为大多数囊腺癌的手术样本中都存在囊腺瘤成分【 Fragulidis GP 2015 Lauffer JM 1998 Nakajima T 1992 Yoshida H 2001】33-36。囊腺瘤的恶性转化率在 5%至 30%之间，胆管囊腺癌占恶性肝上皮肿瘤的 0.41%【Nakajima T 1992 Takayasu K 1988 Fiamingo P 2004】35 37 38。影像学检查中，囊腺瘤通常表现为多房、低密度、厚壁囊性肿块，伴有壁结节和内部分隔。然而，Labib 等人报告称，在鉴别诊断单纯肝囊肿和囊腺瘤时，平均囊肿大小或影像学特征无显著差异【Laerence P 2017】39。他们还报告称，影像学检查中，囊腺瘤患者更可能为单发囊肿。目前的影像学技术难以区分囊性肿瘤和单纯性肝囊肿。近期的研究将囊腺瘤描述为与黏液性囊性肿瘤（MCN）同义【Laerence P 2017】39。世界卫生组织重新定义囊腺瘤，根据是否存在卵巢间质和胆管相通，将其分别归类为 MCN 或胆管内乳头状肿瘤（IPN-B）【Rawla P 2019】40。
如果肝囊肿内的液体含有血液，那么单纯性肝囊肿的鉴别诊断会更加困难。由于囊内存在血凝块，出血性肝囊肿在超声和加权磁共振成像上也可能表现为结节状并伴有分隔【Averbukh LD 2019 Tani A 2008】41，42。单纯性肝囊肿内的出血往往呈不均匀状，容易被误诊为脓肿、囊腺瘤、囊腺癌或包虫囊肿等复杂病变【Fragulidis GP 2015 Takayasu G 2008】33，43。不建议通过抽取囊内液体进行细胞学检查来诊断单纯性肝囊肿。然而，如果因治疗目的抽取肝囊肿液体，可对囊内肿瘤标志物浓度、细胞学和细菌培养进行评估。
Marnerite 和 Alan 研究了囊性病变中的癌胚抗原（CEA）和CA19-9水平，发现胆管囊腺瘤、囊腺癌和假性囊性转移性癌的囊液中CEA（>600 μg/L）升高【Pinto MM 1989 Lin CC 2005】44，45。然而，单纯性肝囊肿患者囊内液体中CA19-9和CEA浓度也可能升高。Fuks等人【Fuks D 2014】46报告称，囊内液体中CEA和CA19-9的浓度高于血清参考值的最大值。
在单纯性肝囊肿患者中，囊液中癌胚抗原（CEA）和糖类抗原 19-9（CA19-9）的阳性率分别为 7%和 88%。他们还表明，区分单纯性肝囊肿和黏液性囊性病变的临界值分别为 CEA 30 ng/mL 和 CA19-9 15000 单位/mL【Fuks D 2014】46。然而，由于囊液中 CEA 和 CA19-9 水平在区分单纯性肝囊肿和囊性肿瘤方面缺乏特异性和准确性，常规检测囊液肿瘤标志物对鉴别诊断无帮助。在最近的一项报告中，检测到囊性肿瘤中囊液肿瘤相关糖蛋白（TAG-72）浓度较高。因此，TAG-72 可能是鉴别单纯性肝囊肿和囊性肿瘤的有前景的工具【Fragulidis GP 2015 Fuks D 2014 】33 46。
血清 CA19-9 水平对鉴别诊断无帮助【Choi HK 2010】47。CEA 和 CA19-9 由正常胆道上皮细胞表达。因此，血清 CEA 和 CA19-9 水平与恶性潜能无关【Fragulidis GP 2015】33。 穿刺细胞学检查很少有帮助，且不能提供足够的信息。微生物学分析仅在极少数情况下对囊性病变起源于包虫病时有价值【Fragulidis GP 2015 Laerence P 2017 Fuks D 2014】33 39 46。术前对囊肿内进行穿刺细胞学检查以及对壁结节或乳头状突起进行细针穿刺活检不被推荐，因为一旦为恶性肿瘤，可能会导致腹膜或胸膜播散【Fragulidis GP 2015】33。 |