在诊断手段广泛出现之前，肝囊肿是在手术中诊断出来的。
在1974 年，Sanfelippo 等人报告称，肝囊性病变的发病率为每 10000 例探查中有 17 例【Sanfelippo PM 1974】。
随着包括超声（US）和计算机断层扫描（CT）在内的诊断手段使用增多，肝囊肿在医学检查中容易被诊断出来且出现频率较高。单纯性肝囊肿的患病率在超声检查中为 3% 至 5%，而在 CT 检查中则高达 18%【Kaye M 2010】。较大的肝囊肿在 50 岁以上的女性中更为常见，女性与男性的比例为 4:1【Marrero JA 2014】。.
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